Windows版のchromeのproxyの設定を開くと、システム(IE)のproxy設定が開くため、システム全体のproxyの設定が変更されてしまいます。
そのため、IEのProxyの設定を変えず、chromeだけproxyを通したい場合は上記設定は使えません。
そういう場合は、chrome起動時のコマンドオプションで指定できるようです。
指定方法、chrome起動するためのショートカットのプロパティ開いて、ショートカットのリンク先に
"C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application\chrome.exe"
といった値が入っているので、--proxy-server=xxxxx:8080 みたいなオプションを与えます。
"C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application\chrome.exe" --proxy-server=myproxy:8080
