IE11 から、どうもローカルにあるProxy.pacが読み込まれてないように思って調べてみたら、案の定、デフォルトでは読み込まれない仕様に変わったようです。
従来通り読み込みたい場合は、レジストリエディタで
キー:HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings
を開き
値:EnableLegacyAutoProxyFeatures
種類:REG_DWORD
データ:1
を作りましょう